近期着力于5.68平方公里的核心区，计划三年内基本完成海堤护岸、道路、桥梁、造地、绿化等市政基础设施建设，争取把核心区的大轮廓尽早展现在全市人民面前；五年内部分公建设施，如博物馆、莆商分馆、妈祖水街等公共建筑基本建成投用，生活居住、行政办公、教育服务等配套设施初具规模。中期，妈祖城与中心城区和其它城市组团联系的各条纵向、横向城市主干道基本形成，其它对外交通设施也得到全面改善，以综合服务核心区为辐射源，向东、北、西三个方面拓展，并依托山柄、港里、莆禧、文甲等村庄的现状用地和自然景观、人文景观资源，全面推进妈祖公园、妈祖学村、游艇码头和休闲娱乐区、紫霄洞风景区等的开发建设，建设用地面积达到16平方公里。远期，随着分布在其周边区域的东吴开发区、东吴出口加工区、木材加工贸易示范区、临港工业区内各个项目的不断建成投产和东吴罗屿深水大港建设的不断推进，以及福厦铁路、向莆铁路、湄洲湾铁路支线、湄永高速公路、绕城高速公路和城市“四纵八横”主干路网等重大市政基础设施的不断完善，妈祖城将继续向西北部稳健推进，与湄港新城中心区融为一体，成为湄洲湾港口城市的政治、经济文教、旅游、生活中心，总用地面积达60平方公里。